樊代明院士长期从事消化系疾病的基础及临床研究工作,特别是在胃癌发生、发展的分子机制及防治研究中做出了突出贡献:首次提出了胃癌“三级四步”序贯预防策略,指导了胃癌预防工作的开展;研制出胃癌早癌分子预警的新方法,提升了我国胃癌早期诊断的水平;发现一批与胃癌恶性生物学行为相关的分子群并研究了其调控机制,为胃癌诊治新靶点的发现奠定了基础;开发了具有我国自主知识产权的国家I类诊断试剂——胃癌免疫PCR血清诊断试剂盒。目前担任中国抗癌协会副理事长、亚太消化学会副主席、世界消化学会常务理事兼科学计划委员会主席等学术职务。先后受聘为Engineering Science的主编,BMC Cancer、Journal of Digestive Diseases和Clinical Cancer Drugs的副主编。